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要問DNA-蛋白質互作技術誰最火？就不得不提CUT&Tag技術了！CUT&Tag技術自2019年問世以來，不斷突破創新，從最初只能做組蛋白修飾，到現在越來越多轉錄因子見刊，甚至各種R-loop、G4結構的研究也被大量報道。更不要說單細胞技術爆火的現在，scCUT&Tag技術中，各種動物、細胞以及植物的文章見刊，并且CUT&Tag技術還衍生出了多靶標CUT&Tag，實現一個細胞，多個靶標的研究。
2021年 大量轉錄因子研究見刊
2021年1月 scCUT&tag在動物應用方向研究見刊
2022年12月 nano-CUT&Tag推出
更多應用持續更新……
最近經常聽到單細胞ChIP技術，小翌立馬查閱資料去一探究竟，結果發現還是換湯不換藥，這個單細胞ChIP技術不就是咱們scCUT&Tag么？
為了幫助大家提升CUT&Tag實驗技能，小翌整理了之前的一些CUT&Tag知識，同時將CUT&Tag實驗的甲醛交聯方案和CUT&Tag-qPCR方案一起匯總，希望大家進一步提升CUT&Tag技能，后續如果也想嘗試單細胞ChIP，或者是已經在做單細胞ChIP，咱們也能更得心應手。
CUT&Tag甲醛交聯方案
【注】
A：在CUT&Tag實驗開始前，我們需要確定實驗方案。隨著CUT&Tag技術的發展,科學家們發現有些目標蛋白質在研究時，輕微甲醛交聯效果更好。之后，更多的研究表明，使用CUT&Tag技術研究不同蛋白時，所需的實驗條件也不一樣。做組蛋白修飾、強結合的轉錄因子(如CTCF、RNA polll等)無需甲醛交聯。而一些弱結合的轉錄因子或轉錄輔因子則需要甲醛交聯，并且甲醛交聯的強度也不一樣。常規的輕微甲醛交聯條件為0.1%甲醛室溫交聯2 min，之后用0.1 M甘氨酸終止交聯。
B：若在實驗時，有添加甲醛進行輕微交聯，那么后續加終止buffer后，步驟稍微有調整哦！甲醛交聯后，蛋白酶K消化步驟調整為：向每個樣品中加入2 μL 15× Terminate Solution、1 μL DNA Spike-in mix和1 μL 30× Proteinase K（此時磁珠會板結）（若樣品較多，可一起提前配制）。全速渦旋樣品約10 sec，混勻后瞬離，將樣品置于PCR儀，55 oC消化2 h (熱蓋不低于70 oC)或者37 oC過夜。
CUT&Tag-qPCR方案
qPCR 定量檢測
反應體系（推薦冰上配制）
反應程序
【注】
快速程序適用于絕大多數基因，個別復雜二級結構基因可嘗試標準程序。
a) 退火溫度和時間：請根據引物和目的基因的長度進行調整。
b) 熒光信號采集（★）：請按照儀器使用說明書要求進行實驗程序設置，幾種常見儀器的時間設定如下：
20 sec：Applied Biosystems 7700, 7900HT, 7500 Fast
31 sec：Applied Biosystems 7300
32 sec：Applied Biosystems 7500
c) 熔解曲線：通常情況下可以使用儀器默認程序。
結果分析
圖:使用試劑盒中的spikein 3進行normalization處理，同一基因在不同投入量細胞結果中,基因的富集倍率差異不大。
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