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輕松應對土壤/糞便DNA提取難題!

2023-7-14  閱讀(323)

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DNA雙螺旋模型的發現讓人們認識到,生命最根本的基石是4個“堿基字母"及其相應的“書寫規則"。現代分子生物學的發展對DNA的研究有了更精準的認識;DNA提取是分子生物學實驗中的實驗步驟。

 
 


常規的DNA提取研究者們可以輕松掌握,讓人困擾的是一些特殊樣本的提取,比如土壤DNA提取、糞便DNA提取,這類樣本含有大量的雜質,提取純度差、得率差是常常遇到的問題。
 
翌圣生物經過匠心打造,自主研發出高性能的土壤DNA提取試劑盒和糞便DNA提取試劑盒,助力微生物組學的研究!

 

 
土壤DNA提取
 

土壤中的微生物多種多樣,同時,土壤樣本中常含有大量的抑制劑(腐殖酸、黃腐酸等腐殖質),腐殖質容易與核酸一起被抽提,且會影響DNA聚合酶活性,進而影響下游PCR及測序過程。獲取土壤樣本微生物DNA是土壤研究的第一步,也是下游實驗能否成功進行的最關鍵的一步。

 

 
 
 
土壤提取的難點及解決方案
 
難點一:提取的 DNA 得率低
  • 樣本微生物含量低:增加樣本量;調節樣本的含水量等因素來優化裂解條件。

  • 裂解不充分:增加物理破碎的時間和次數。

  • 洗脫不充分:建議二次洗脫增加產量或提高洗脫體積。

 

 

難點二:提取的核酸出現降解,跑膠有彌散現象

  • 優化裂解條件,避免過度裂解,降低物理破碎的力度;

  • 操作過程中是否有污染 DAase,造成 DNA 降解;

  • 可能有大量RNA的污染,可加入RNase I。

 

 

難點三:提取 DNA 的純度過低,殘留抑制物影響下游實驗

  • 樣本復雜含有有機質高:需要特別去除雜質,必要時可以使用 PBS 清洗土壤并收集菌體;

  • 雜質去除效果差,雜質殘留多:選擇有去除蛋白、腐質酸等復雜抑制物的去雜劑;

  • 乙醇等沒有充分揮發:晾曬步驟要充分,使醇揮發。

 

 
 
 
產品推薦

MolPure® Soil DNA Kit(Cat#18815ES),能高效獲得土壤DNA,有利于實現后續對土壤微生物生態系統多樣性的研究。

 

 
 
 
產品特點
  • 操作便捷:室溫操作,僅需35min即可回收DNA。

  • 產量高:玻璃珠能高效裂解土壤微生物,釋放更多DNA,最大限度地提取其產量。

  • 適用范圍廣:適合花壇土、花盆土、農田土、山林土、淤泥、黑土等各類型土壤。

  • 純度高:有效去除土壤中腐殖酸、重金屬離子等雜質,并與離心柱法純化相結合,提高了DNA的純度。

 

 
 
 
操作流程

圖1 土壤DNA提取操作流程圖

 

 
 
 
產品性能

250mg池塘土壤樣本,分別用18815ES和競品提取,洗脫體積50μL,18815ES相對競品展現出更優異的DNA濃度和純度。

 

表1 DNA提取濃度和純度

 

圖2 土壤DNA瓊脂糖凝膠電泳圖

 

 
糞便DNA提取
 

腸道微生物的種類、數量、生理活動等,參與影響人體多種生理機能,并與部分疾病的發生緊密相關。糞便中含有的成分非常復雜,包括包括水分、蛋白質、無機物、脂肪、未消化的食物纖維、脫了水的消化液殘余、維生素K、維生素B等,因此從糞便中提取核酸并非易事。

 

 
 
 
糞便提取難點及解決方案
 

難點一:糞便中革蘭氏陽性菌難以破壁

  • 加入裂解液后充分震蕩混勻;

  • 針對含革蘭氏陽性菌等較難裂解的糞便樣本,可提高樣本裂解的溫度。

 

難點二:提取 DNA 中的殘留物質抑制下游實驗

  • 轉移上清時避免吸到糞便顆粒;

  • 去除雜質時,應充分震蕩混勻;

  • 對于非常干燥的糞便樣本,需要適當減少樣本量。

 

 
 
 
產品推薦

MolPure® Stool DNA Kit 糞便 DNA 提取試劑盒(Cat#18820ES),能高效提取糞便DNA,有利于實現后續對腸道微生物生態系統多樣性的研究。

 

 
 
 
產品特點
  • 操作便捷:室溫操作,僅需35min即可回收DNA。

  • 產量高:裂解液配方,釋放更多DNA,最大限度地提取其產量。

  • 純度高:雜質去除劑配方,能很大程度去除糞便中的雜質,并與離心柱法純化相結合,提高了DNA的純度。

 

 
 
 
操作流程

圖3 糞便DNA提取操作流程圖

 

 
 
 
產品性能

來自8位自愿者的糞便樣本,取200mg樣本,采用18820ES和競品提取糞便DNA,洗脫體積50μL, 18820ES相對競品展現出更優異的DNA濃度和純度。

 

表2 糞便DNA提取濃度和純度

 

圖4 糞便DNA提取瓊脂糖凝膠電泳圖

 

 

 
產品推薦
 

產品編號

產品名稱

產品應用

18815ES

MolPure® Soil DNA Kit

土壤DNA提取

18820ES

MolPure® Stool DNA Kit

糞便DNA提取

 

 
DNA提取相關產品
 

產品編號

產品名稱

產品應用

18700ES

MolPure® Cell/Tissue DNA Kit

細胞/組織DNA提取

18725ES

MolPure® Marine Animals DNA Kit

海洋動物DNA提取

18730ES

MolPure® Blood DNA Kit

血液DNA提取

18780ES

MolPure® Micro DNA Kit

微量DNA提取

18800ES

MolPure® Plant DNA Kit

植物DNA提取

18801ES

MolPure® Plant Plus DNA Kit

多糖多酚植物DNA提取

18806ES

MolPure® Bacterial DNA Kit

細菌DNA提取

18812ES

MolPure® Fungal DNA Kit

真菌DNA提取

 



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