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離子色譜儀在運行過程中可能出現多種故障，影響分析結果的準確性，以下是一些常見故障及其分析：
- 系統壓力異常：系統壓力升高可能與保護柱的濾片和在線過濾的濾膜因物質沉積而堵塞有關，也可能是某段管子堵塞或室溫較低導致。此時應更換濾片和濾膜，逐段檢查并更換堵塞的管子，設法使室溫保持在15℃以上。系統壓力降低或無壓力則可能是系統有泄漏，需仔細檢查各接頭是否擰緊。若系統流路中有大量氣泡存在，進入泵內形成空穴，啟動泵后系統壓力無顯示，亦無溶液流出，此時應先停泵，擰松蠕動泵的螺絲，用注射器抽出泵內的氣泡，直到氣泡排除為止，然后再將泵啟動。
- 基線漂移或噪聲大：可能與淋洗液暴露空氣超時導致pH變化、抑制器污染或檢測池被污染有關。可嘗試用新配制淋洗液重復實驗，若漂移消失則為淋洗液問題；用0.1M HCl反向沖洗抑制器；對檢測池進行清洗，若污染物來源于樣品，需優化樣品前處理步驟。
- 色譜峰異常：色譜峰保留時間改變可能因儀器漏液、系統內有氣泡、分離柱交換容量下降或淋洗液放置時間過長導致。需檢查接頭是否擰緊，排除系統內氣泡，必要時更換分離柱，并定期更換新鮮淋洗液。色譜峰展寬可能與柱效衰減有關，需檢查色譜柱是否需要更換。
- 抑制器故障：抑制器漏液會導致靈敏度降低和背景電導增加，需檢查并修復泄漏部位，必要時更換抑制器內部的密封件或其他配件。若抑制器微膜脫水，可按照廠家指導注入激活溶液進行恢復。
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