細胞生物污染是指如細菌、類芽孢桿菌、霉菌、酵母、病毒、支原體、黑膠蟲和其他細胞都可能侵入細胞培養環境引起污染。

生物性污染對細胞代謝的影響，可因污染源和細胞的種類不同而表現各異。

細菌

培養物通常呈云霧狀（即渾濁狀），有時表面會覆蓋一層薄膜

pH突然降低

高倍鏡下可分辨出細菌的形狀

類芽孢桿菌

顯微鏡下看到細胞間會有一些桿狀游動的小蟲子

類芽孢桿菌增殖很快跟細胞競爭營養

前期培養液不渾濁

對各種抗生素無效，難以清除，換掖沖洗后也無效

可能通過培養箱空氣進行污染

霉菌

培養物渾濁

污染初期pH值穩定，嚴重后pH值迅速升高

顯微鏡下通常呈細束狀纖維，或較為密集的孢子團塊

酵母菌

培養基變渾濁，尤其是污染后期

一般pH值變化很小，嚴重時pH值升高

顯微鏡下呈卵圓形或球形顆粒，有些會芽生較小顆粒

支原體

體積較小（一般＜1um），導致難以發現

細胞增殖速度降低，飽和密度下降，懸浮培養物聚集

定期檢測培養物（支原體檢測試劑盒（MycoTest Kit）

黑膠蟲

與細胞共生，細胞長的好或密度大的話，做布朗運動的小黑點就少，反之則多；

對抗生素無效；

可以通過培養箱空氣進行污染；

換掖沖洗后也無效。

病毒

體積極小，檢測及去除十分困難

常常因為觀察到細胞生長和形態發生改變而發現

會對實驗室工作人員造成嚴重的健康威脅

使用質量好的血清產品降低病毒污染的風險