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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 Vs 空間轉(zhuǎn)錄組,產(chǎn)業(yè) Vs 技術(shù),潮流對(duì)撞,雙劍合璧!

2023-12-26  閱讀(334)

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要問(wèn)現(xiàn)在生物行業(yè)最火的創(chuàng)新技術(shù)是什么?那非單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組或者空間轉(zhuǎn)錄組莫屬!

 


各種年度技術(shù)評(píng)價(jià)加持

2009年
 

湯富酬老師發(fā)表第一篇單細(xì)胞文章,正式拉開(kāi)單細(xì)胞研究的序幕;

2011年
 

nature methods將單細(xì)胞列為未來(lái)幾年關(guān)注技術(shù);

2013年
 

science將單細(xì)胞列為年度關(guān)注的六大領(lǐng)域;

2014年
 

Nature Methods將單細(xì)胞測(cè)序?yàn)?2013 年度最重要的方法學(xué)進(jìn)展;

2018 年
 

Science 公布的科學(xué)突破中,單細(xì)胞技術(shù)位列突破;

2019 年
 

單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)被 Nature Methods 評(píng)為年度技術(shù);

2020 年
 

Nature Methods 年度技術(shù)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相輔相成的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù);

2022 年
 

Nature 最新發(fā)布,空間多組學(xué)技術(shù)被評(píng)為 2022 年值得關(guān)注的 7 項(xiàng)技術(shù)之一。

 

圖.單細(xì)胞多組學(xué)與空間多組學(xué)發(fā)展進(jìn)程(圖片來(lái)源網(wǎng)絡(luò))

 

除了這些年度技術(shù)的高度評(píng)價(jià),市場(chǎng)容量、投資價(jià)值上也不容小覷。專業(yè)咨詢機(jī)構(gòu)Decibio預(yù)估全球單細(xì)胞分析市場(chǎng)在 2022 年為12億美元(約人名幣60億元),并將以每年 13% 的速度增長(zhǎng),到 2025 年達(dá)到約17億美元。這一數(shù)字與 10x Genomics 最近的收益一致。睿略行業(yè)研究機(jī)構(gòu)預(yù)測(cè)2022年全球空間基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)市場(chǎng)規(guī)模達(dá)16.41億元(人名幣),中國(guó)空間基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)市場(chǎng)規(guī)模達(dá)到2.84億元,預(yù)計(jì)到2028年,全球空間基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)市場(chǎng)規(guī)模將達(dá)到27.53億元,在預(yù)測(cè)期間2023-2028內(nèi),市場(chǎng)年均復(fù)合增長(zhǎng)率預(yù)估為9.13%。

 

那么,受到如此青睞的技術(shù),到底是做什么的呢?有什么實(shí)際的應(yīng)用價(jià)值?

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組

 
 
 
 

即single cell RNA-seq(scRNA-seq),是指在單細(xì)胞水平上對(duì)RNA進(jìn)行高通量測(cè)序和分析的新技術(shù)。不同于常規(guī)組織或細(xì)胞群測(cè)序(bulk RNA-seq)得到的結(jié)果(只是大量細(xì)胞平均表達(dá)水平),單測(cè)序能夠深入挖掘特異性的信息。

空間轉(zhuǎn)錄組

 
 
 
 

即(St RNA-seq)技術(shù),是指在對(duì)細(xì)胞的基因表達(dá)進(jìn)行定量測(cè)序的同時(shí),提供細(xì)胞在組織空間的具體位置信息。與傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組技術(shù)相比,空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能獲得細(xì)胞在組織生理環(huán)境下真實(shí)的基因表達(dá)特征,以及與微環(huán)境的關(guān)系,進(jìn)一步推進(jìn)對(duì)正常和病理狀態(tài)下的細(xì)胞特征的理解。

圖.bulk RNA-seq和scRNA-seq以及St RNA-seq的區(qū)別(圖片來(lái)源于網(wǎng)絡(luò))

 

例如單細(xì)胞用于腫瘤預(yù)后檢測(cè)時(shí),如果只有少數(shù)幾個(gè)腫瘤細(xì)胞的殘留,bulk RNA-seq可能檢測(cè)不出,而scRNA-seq能檢出少量腫瘤細(xì)胞甚至一個(gè)腫瘤細(xì)胞的殘留,St RNA-seq不僅能檢出少量腫瘤細(xì)胞的殘留,也能指征腫瘤細(xì)胞存在的位置信息。

目前單細(xì)胞技術(shù)及空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用范圍非常廣泛,涉及發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、癌癥研究、免疫系統(tǒng)研究、藥物發(fā)現(xiàn)與開(kāi)發(fā)、腸道微生物研究等。

 

單細(xì)胞技術(shù)及空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的應(yīng)用

如火如荼的單細(xì)胞和空間組學(xué)賽道上,也積聚了眾多的廠商。單細(xì)胞儀器廠商有進(jìn)口儀器如10x Genomics、BD Rhapsody,國(guó)產(chǎn)儀器商也不少,如華大智造、尋因、達(dá)普、墨卓、萬(wàn)乘、百創(chuàng)、新格元、躍真、德運(yùn)康瑞等。

 

圖.不同單細(xì)胞捕獲平臺(tái)儀器廠家匯總

 

空間轉(zhuǎn)錄組相對(duì)于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組起步較晚,但是目前入駐的企業(yè)也不少,不同平臺(tái)有不同的技術(shù)方法,主要分為探針?lè)ê头翘结樂(lè)ā?/span>

 

圖.不同空間組學(xué)技術(shù)類型及廠家對(duì)比(圖片來(lái)源與網(wǎng)絡(luò))

 

除了以上空間組學(xué)技術(shù)公司外,近期國(guó)產(chǎn)廠家也踴躍突破。BGI是家推出單分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組概念(Stereo-seq),之后陸續(xù)有其他空間組學(xué)技術(shù)廠家報(bào)道,如百創(chuàng)智造的S系列空間轉(zhuǎn)錄組-S1000、尋因生物的SeekSpace、德運(yùn)康瑞的DynaSpatial、躍真生物的M20 Spatial等。

 

鑒于以上,12月19-20日,在北京圍繞單細(xì)胞技術(shù)及空間技術(shù)開(kāi)展了第四屆單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)應(yīng)用研討會(huì)。

 

 

該研討會(huì)以“單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)應(yīng)用"和“單細(xì)胞&空間組學(xué)"為主題,圍繞研究熱點(diǎn)、技術(shù)進(jìn)展、應(yīng)用場(chǎng)景、臨床需求、市場(chǎng)反饋、瓶頸分析及機(jī)遇與挑戰(zhàn)等話題展開(kāi)了深入探討。

 

翌圣生物科技(上海)股份有限公司曹振博士進(jìn)行了題為“微流控單細(xì)胞技術(shù)平臺(tái)優(yōu)質(zhì)原料的研發(fā)"的主題報(bào)告。曹老師介紹了單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的發(fā)展歷程、高通量單細(xì)胞樣本制備和原料開(kāi)發(fā)過(guò)程等內(nèi)容,強(qiáng)調(diào)適配微液滴系統(tǒng)的M-MLV突變體篩選——翌圣鎂孚泰生物五大核心酶改造技術(shù),以更短的時(shí)間獲得更高的成功率目標(biāo)突變體。

 

 

翌圣生物科技(上海)股份有限公司創(chuàng)始人&董事長(zhǎng)黃衛(wèi)華與清華大學(xué)副研究員高軍濤、Dimension Genomics Inc 聯(lián)合創(chuàng)始人、總裁兼執(zhí)行官曹涵、北京百奧益康醫(yī)藥科技有限公司副總經(jīng)理石菲菲、深圳市真邁生物科技有限公司醫(yī)學(xué)官王益民和上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司總經(jīng)理張志明圍繞主題“單細(xì)胞與空間多組學(xué)技術(shù)前沿與臨床應(yīng)用"進(jìn)行了圓桌討論。

 

 

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組及空間轉(zhuǎn)錄組在生物創(chuàng)新行業(yè)中有著不容置疑的地位,翌圣生物也將不斷在該領(lǐng)域不斷深耕、持續(xù)創(chuàng)新。未來(lái),希望能幫助研究人員觀察到生物技術(shù)里的生動(dòng)圖景,讓人類真正掌握生物行業(yè)的“神秘密碼"。

 

 

 

產(chǎn)品推薦

 

定位

樣本類型

名稱

貨號(hào)

低通量單細(xì)胞建庫(kù)

1-1000個(gè)細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)

 Hieff NGS®; Single Cell Low-Input cDNA Synthesis & Amplification Module

12500ES

Hieff NGS®; Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit

12502ES

單B細(xì)胞建庫(kù)

分選的單B細(xì)胞

 Hieff NGS®; Single Cell Low-Input cDNA Synthesis & Amplification Module

12500ES

單酶及建庫(kù)模板

單酶及建庫(kù)模塊

Quick T4 DNA Ligase (400 U/µL)

10301ES

Hieff NGS®; Novel DNA Ligation Module

12626ES

Quick T4 DNA Ligase (1000 U/µL, DTT Free)

14205ES

YeaCell™; 1st Strand Synthesis kit for Single Cell 3?RNA-seq

13594ES

 YeaCell™; Reverse Transcriptase for Single Cell Full Length cDNA

13589ES

Hieff  NGS®; OnePot Pro DNA Library Prep Kit for Illumina

12205ES

YeaCell™; DNA kit for single cell

13545ES

UCF.ME®; High Affinity RNase Inhibitor (40 U/µL)

14675ES

YeaCell™ Single Cell 3? RNA-seq Kit

12520ES

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膠珠上barcode定制



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