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翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號全自動化轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)
自動化建庫
當(dāng)前，高通量測序已成為生命科學(xué)領(lǐng)域最有力的工具，極大促進(jìn)了腫瘤、遺傳病和病原等領(lǐng)域的發(fā)展。高通量測序中的建庫操作仍存在流程繁瑣、人力資源依賴程度高、自動化程度低等問題，限制了其在臨床轉(zhuǎn)化上的應(yīng)用。為促進(jìn)生產(chǎn)轉(zhuǎn)型和臨床應(yīng)用，高效穩(wěn)定的自動化建庫方案是必由之路。
圖1. 轉(zhuǎn)錄組測序流程（網(wǎng)圖，侵刪）
圖2.中華家系1號全轉(zhuǎn)錄組RNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)
※測試樣本：中華家系1號RNA標(biāo)準(zhǔn)品（Quartet RNA）D5、 D6 、F7、 M8，且三次平行重復(fù)；
※建庫試劑盒：Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit（Cat#12309ES）；
※自動化平臺：MGISP-960自動化平臺；
※測序平臺：DNBSEQ-G99。
圖3.mRNA 建庫試劑盒流程原理圖
MGISP-960自動化建庫與手動建庫文庫濃度
4個中華家系一號RNA標(biāo)準(zhǔn)品D5、D6、F7、M8樣本，每個樣本3次重復(fù)，同時采用MGISP-960自動化平臺建庫和手動建庫，自動化建庫與手動建庫均具備高度均一的文庫產(chǎn)量。
圖4.自動化建庫與手動建庫文庫濃度對比
MGISP-960自動化建庫RNA-seq數(shù)據(jù)與中華家系一號的參考數(shù)據(jù)集對比
數(shù)據(jù)質(zhì)量綜合評分
12309ES測序數(shù)據(jù)對比到中華家系一號的參考數(shù)據(jù)集，以分值來代表SNR和RC的綜合水平。
Great！12309ES的數(shù)據(jù)質(zhì)量評分高達(dá)9.733
數(shù)據(jù)評價結(jié)果
基因counts、表達(dá)譜數(shù)據(jù)質(zhì)量評價結(jié)果：每組樣本包含 3 個技術(shù)重復(fù)，SNR為31.1，基因表達(dá)量結(jié)果在技術(shù)重復(fù)之間具有非常好的可重復(fù)性。
圖5.樣本表達(dá)譜數(shù)據(jù) PCA 分析結(jié)果
圖6.基因表達(dá)差異倍數(shù)與參考數(shù)據(jù)集一致性分析結(jié)果
MGISP-960自動化建庫RNA-seq數(shù)據(jù)的post alignment分析
表1：post alignment分析的基本QC指標(biāo)
圖7.rRNA殘留的占比
產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品貨號 | 產(chǎn)品應(yīng)用 |
Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit | 12309ES | mRNA建庫 |
Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version) | 12310ES | total RNA建庫 |
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V2 | 12195ES | 酶切法建庫 |
Hieff NGS® DNA Library Prep Kit | 13577ES | 機(jī)械法建庫 |
Hieff NGS® DNA selection Beads（Superior Ampure XP alternative） | 12601ES | DNA純化磁珠 |
1×dsDNA HSAssay Kit | 12642ES | 雙鏈DNA（dsDNA）定量 |
翌圣生物攜手華大智造聯(lián)合推出翌圣-MGI聯(lián)合品牌MGISP-960高通量自動化樣本制備系統(tǒng)。
