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許多染料對DNA都有不同程度的親和性，故可以作為染色體的染色。在染色體的常規染色中，一般用吉姆薩、地衣紅、福爾根、石碳酸復紅等可獲得較好的染色效果。硫堇可用于口腔黏膜、尿液、羊水、絨毛細胞以及人工培養細胞等樣本的染色體染色，尤其適用于較難上色的性染色質的染色，另外硫堇可用于尼氏小體、肥大細胞等物質的染色。
Leagene硫堇染色液(2%)主要由磷酸鹽、硫堇組成，當染色尼氏體時尼氏體呈深藍色，但染色肥大細胞時肥大細胞呈紫紅色。該試劑僅用于科研領域，不適用于臨床診斷或其他用途。
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